Ngày 26/02/2019 Hiệu trưởng Trường Đại học Nội vụ Hà Nội đã ban hành Quyết định số 372/QĐ-ĐHNV quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Phân hiệu Trường Đại học Nội vụ Hà Nội tại Thành phố Hồ Chí Minh.
Cơ cấu tổ chức của Phân hiệu hiện nay bao gồm:
Giám đốc và các Phó Giám đốc
Các Hội đồng tư vấn
Các phòng chức năng
Các khoa chuyên môn
Các tổ chức khoa học công nghệ và dịch vụ
Khối đoàn thể